Als er iets fout gaat(Opmerking: deze sectie refereert voornamelijk naar nogal oude kernels)Het meest voorkomende probleem dat zich voordeed was wanneer een patch een bestand met de naam `config.in' wijzigde en het er niet helemaal goed uitzag, omdat je de opties wijzigde om aan je computer aan te passen. Dit is verholpen, maar het kan zijn dat je het met een oudere release nog aan zult treffen. Bekijk het bestand config.in.rej om het te herstellen, en zie wat er van de originele patch over is gebleven. Kenmerkend is dat de wijzigingen aan het begin van de regel met een `+' en een `-' worden gemarkeerd. Kijk naar de regels die erdoor worden omsloten, en denk eraan terug of ze met `y' of `n' werden ingesteld. Wijzig nu je config.in, en verander daar waar van toepassing de `y' in een `n' en de `n' in een `y' Tik in patch -p0 < config.in.rej en als het rapporteert dat het succesvol was (zonder gebreken), dan kun je verdergaan met de configuratie en compilatie. Het bestand config.in.rej blijft behouden, maar je kunt het verwijderen.Als je verdere problemen tegenkomt, kan het zijn dat je een patch in de verkeerde volgorde hebt geïnstalleerd. Als patch de melding `previously applied patch detected: Assume -R?' geeft, ben je waarschijnlijk aan het proberen om een patch toe te passen welke lager is dan het huidige versienummer; als je `y' antwoordt, zal het proberen je source te degraderen, en zal hier waarschijnlijk niet in slagen; dus je zult een volledige nieuwe versie van de source tree nodig hebben (wat in eerste instantie niet eens zo'n slecht idee zou zijn geweest).Om een patch achteraf te verwijderen, gebruik je `patch -R' op de originele patch (het toepassen ongedaan maken).Als patches echt verkeerd blijken te zijn, kun je het beste opnieuw beginnen met een nog onaangetaste source tree (bijvoorbeeld vanuit één van de linux-x.y.z.tar.gz bestanden).